Pomimo że w wielu przypadkach stwierdzono wyraźne zmiany w syntezie i metabolizmie monoamin mózgu, ich rola w patogenezie zaburzeń afektywnych nie została ostatecznie wyjaśniona. Badacze rozważają kilka hipotez, np. hipotezę Schildkrauta zakładająca, że depresje zależą od uszkodzenia mechanizmów syntezy i magazynowania amin katecholowych, a stany maniakalne od nasilenia aktywności neuronów syntetyzujących te aminy, hipotezę Dewhrusta uzależniającą powstawanie depresji i manii także od zaburzeń w syntezie przekaźników tryptaminowych oraz ostatnio hipotezy wiążące patogenezę depresji ze zmianami wrażliwości (i liczby) receptorów a- i (3-adrenergicznych. Należy podkreślić ponadto rolę acetylocholiny w patogenezie schorzeń afektywnych. Podkreślane są także zaburzenia w rozmieszczeniu i stężeniu jonów w neuronach ośrodkowego układu nerwowego w stanach depresyjnych i maniakalnych. Zaburzenia te polegają na zwiększeniu wewnątrzkomórkowego stężenia jonów sodowych, co może prowadzić do zwiększenia pobudliwości neuronów.
