Nie uwzględniliśmy jeszcze innej właściwości procesu różnicowania, mianowicie rozwoju funkcji narządów. Komórki gruczołowe będą wydzielać, komórki mięśniowe kurczyć się, komórki nerwowe przewodzić. Dziedzina embriologii, zwana fizjologią rozwoju, dotyczy więc rozwoju funkcji określonych tkanek. Zastanówmy się np. nad rozwojem bijącego serca u zarodka kury. W stadium smugi pierwotnej w zarodku nie ma jeszcze śladów serca, kończyn, oczu ani żadnej innej zróżnicowanej tkanki. Jednakże w ciągu następnych kilkunastu godzin inkubacji zachodzą ruchy morfogenetyczne; trzy listki zarodkowe fałdują się, zachodzą jeden na drugi i powstaje jelito przednie, cewka nerwowa i cewkowa te serce. W ciągu następnych godzin zaczyna się ono samoistnie i rytmicznie kurczyć. Fragmenty zarodka wycięte i umieszczone w hodowli zaokrąglają się i różnicują. W ciągu dwóch dni hodowli rozwija się warstwa zewnętrzna, pod którą znajdują się różne typy tkanek, zależnie od tego, skąd został pobrany dany fragment. Niektóre z tych pęcherzyków zawierają masę aktywnie bijącej tkanki sercowej, która nie była jeszcze obecna w chwili zakładania hodowli. Komórki przeznaczone na wytworzenie serca znajdują się w mezodermie w dwóch polach zwanych obszarami sercotwórczymi. Dokładne rozmieszczenie tej mezodermy badano poprzez przeszczepianie fragmentów zarodka-dawcy znakowanego pierwiastkami radioaktywnymi do nie znakowanego zarodka-biorcy, gdzie przeszczep brał udział w rozkładzie.
